Person Image

    Education

    • วท.บ.(เคมี), มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, ไทย, 2547
    • วท.ม.(เคมีเชิงฟิสิกส์), มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, ไทย, 2549
    • วท.ม.(ชีวสาระสนเทศ), University of Leeds, อังกฤษ, 2549
    • Ph.D.(ชีวเคมี), University of Oxford, อังกฤษ, 2553

    Expertise Cloud

    AptamerAtomic finite elementbacterial membraneBinding energyBovine serum albuminBovine serum albuminsBSACrystal structureDynamics simulationFatty acidsfinite elementFinite element methodFinite element techniquesFlow of fluidsGeometryGlutathione S-transferaseGrapheneGraphene sheetGraphene sheetshuman defensin 5Human defensive 5Human serum albuminsImpact forceIon fluxMammalsMD simulationsMechanical propertiesMolecular dynamic simulationmolecular dynamic simulationsmolecular dynamicsmolecular dynamics simulationNano scaleNanocrystalsNanoporeNanoporesNanosensorsPore shapePore sizePore surfaceself-assemblySemiconductor quantum dotsSensor platformserpinsserum albumins-hexyl glutathioneSimulation studiessmall intestineSodium chloridesoftwarestatic electricitystochastic modelstorage temperatureStreptococcus pneumoniaeการเกษตรการแข่งขันการคำนวณด้วยระเบียบวิธีทางคอมพิวเตอร์ของระบบโปรตีนขนส่งที่พบในสิ่งมีชีวิตการจำลองการจำลองแบบการจำลองแบบเชิงพลวัตการจำลองพลวัติเชิงโมเลกุลการนำส่งยา (drug delivery)การปรับปรุงพันธุ์การป้องกันการกัดกร่อนการพัฒนาพันธุกรรมการรวมเข้าด้วยกันเองการไหลของไอออนกำลังคนเกษตรเกษตรและอาหารแกรฟีนไก่ดำไกลเคทเตดซีรัมอัลบูมินข้าวข้าวที่มีกลิ่นหอมข้าวพันธุ์ Oryza sativaข้าวหอมมะลิไทยไข่ไก่ความยั่งยืนจีโนมซิลิกา เซ็นเซอร์ระดับนาโนเซลล์มะเร็ง (tumours)โซลิดสเตตนาโนพอร์ดีเอ็นเอตัวกัดกร่อนถังเช่าถั่งเช่าท่อนาโนคาร์บอนนักวิจัยขั้นสูงนาโนพอร์ผลิตภัณฑ์พัฒนาคุณภาพพัฒนานักวิจัยขั้นสูงระดับโมเลกุลระเบียบวิธีโมเลคิวลาร์ไดนามิกสศูนย์ความเป็นเลิศสร้างความพร้อมสัตว์หน่วยวิจัยเฉพาะทางอาหาร

    Interest

    การคำนวณด้วยระเบียบวิธีทางคอมพิวเตอร์ของระบบโปรตีนขนส่งที่พบในสิ่งมีชีวิต

    Resource

    • จำนวนหน่วยปฏิบัติการที่เข้าร่วม 0 หน่วย
    • จำนวนเครื่องมือวิจัย 0 ชิ้น
    • สถานที่ปฏิบัติงานวิจัย
      • ห้อง - ชั้น - อาคารภาควิชาเคมี

    งานวิจัยในรอบ 5 ปี

    Project

    งานวิจัยที่อยู่ระหว่างการดำเนินการ
    • ทุนใน 15 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 6 โครงการ, ผู้ร่วมวิจัย 8 โครงการ, หัวหน้าโครงการย่อย 1 โครงการ)
    • ทุนนอก 0 โครงการ
    งานวิจัยที่เสร็จสิ้นแล้ว
    • ทุนใน 22 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 13 โครงการ, ผู้ร่วมวิจัย 10 โครงการ)
    • ทุนนอก 1 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 1 โครงการ)

    แนวโน้มผลงานทั้งหมดเทียบกับแนวโน้มผลงานในรอบ 5 ปี

    Output

    • บทความ 43 เรื่อง (ตีพิมพ์ในวารสารวิชาการ 40 เรื่อง, นำเสนอในการประชุม/สัมมนา 3 เรื่อง)
    • ทรัพย์สินทางปัญญา 0 เรื่อง (ลิขสิทธิ์ 0 เรื่อง, เครื่องหมายการค้า 0 เรื่อง, อนุสิทธิบัตร 0 เรื่อง, สิทธิบัตร 0 เรื่อง)
    • สิ่งประดิษฐ์ 0 เรื่อง (ขึ้นทะเบียนพันธุ์พืช หรือพันธุ์สัตว์ หรือสิ่งประดิษฐ์ มก. 0 เรื่อง)
    • Unknown 0 เรื่อง (Unknown 0 เรื่อง)

    แนวโน้มการนำผลงานไปใช้ประโยชน์ในด้านต่างๆ

    Outcome

    • การนำผลงานไปใช้ประโยชน์ 1 เรื่อง (เชิงวิชาการ 1 เรื่อง, เชิงนโยบาย/บริหาร 0 เรื่อง, เชิงสาธารณะ 0 เรื่อง, เชิงพาณิชย์ 0 เรื่อง)

    รางวัลที่ได้รับ

    Award

    • รางวัลที่ได้รับ 1 เรื่อง (ประกาศเกียรติคุณ/รางวัลนักวิจัย 1 เรื่อง, รางวัลผลงานวิจัย/สิ่งประดิษฐ์ 0 เรื่อง, รางวัลผลงานนำเสนอในการประชุมวิชาการ 0 เรื่อง)


    Scopus h-index

    #Document titleAuthorsYearSourceCited by
    1Graphene based aptasensor for glycated albumin in diabetes mellitus diagnosis and monitoringApiwat C., Luksirikul P., Kankla P., Pongprayoon P., Treerattrakoon K., Paiboonsukwong K., Fucharoen S., Dharakul T., Dharakul T., Japrung D.2016Biosensors and Bioelectronics
    82,pp. 140-145
    80
    2Simulations of anion transport through OprP reveal the molecular basis for high affinity and selectivity for phosphatePongprayoon P., Beckstein O., Wee C.L., Sansom M.S.P.2009Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
    106(51),pp. 21614-21618
    57
    3Exploring how structural and dynamic properties of bovine and canine serum albumins differ from human serum albuminKetrat S., Japrung D., Pongprayoon P.2020Journal of Molecular Graphics and Modelling
    98
    55
    4Probing the binding site characteristics of HSA: A combined molecular dynamics and cheminformatics investigationPongprayoon P., Gleeson M.2014Journal of Molecular Graphics and Modelling
    54,pp. 164-173
    22
    5Understanding the effects of two bound glucose in Sudlow site I on structure and function of human serum albumin: theoretical studiesAwang T., Wiriyatanakorn N., Saparpakorn P., Japrung D., Pongprayoon P.2017Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    35(4),pp. 781-790
    22
    6Biomimetic design of a brush-like nanopore: Simulation studiesPongprayoon P., Pongprayoon P., Beckstein O., Beckstein O., Sansom M.S.P.2012Journal of Physical Chemistry B
    116(1),pp. 462-468
    20
    7The critical role of dimer formation in monosaccharides binding to human serum albuminPongprayoon P., Mori T., Mori T.2018Physical Chemistry Chemical Physics
    20(5),pp. 3249-3257
    17
    8Structural insights into betaine aldehyde dehydrogenase (BADH2) from Oryza sativa explored by modeling and simulationsBaicharoen A., Vijayan R., Pongprayoon P.2018Scientific Reports
    8(1)
    16
    9Exploring the interactions of a DNA aptamer with human serum albumins: simulation studiesPanman W., Japrung D., Pongprayoon P.2017Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    35(11),pp. 2328-2336
    16
    10Sensitive detection of albuminuria by graphene oxide-mediated fluorescence quenching aptasensorChawjiraphan W., Apiwat C., Apiwat C., Segkhoonthod K., Treerattrakoon K., Pinpradup P., Sathirapongsasuti N., Pongprayoon P., Luksirikul P., Isarankura-Na-Ayudhya P., Japrung D.2020Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy
    231
    14
    11The adsorption of human defensin 5 on bacterial membranes: simulation studiesAwang T., Pongprayoon P.2018Journal of Molecular Modeling
    24(10)
    12
    12The adsorption of glycated human serum albumin-selective aptamer onto a graphene sheet: simulation studiesAwang T., Thangsan P., Luksirikul P., Japrung D., Pongprayoon P.2019Molecular Simulation
    45(10),pp. 841-848
    11
    13How human serum albumin-selective DNA aptamer binds to bovine and canine serum albuminsKuntip N., Japrung D., Pongprayoon P.2021Biopolymers
    11
    14Dynamics of human defensin 5 (HD5) self-assembly in solution: Molecular simulations/insightsChairatana P., Niramitranon J., Pongprayoon P.2019Computational Biology and Chemistry
    83
    10
    15The penetration of human defensin 5 (HD5) through bacterial outer membrane: simulation studiesAwang T., Pongprayoon P.2021Journal of Molecular Modeling
    27(10)
    9
    16Why do the outer membrane proteins OmpF from E. coli and OprP from P. aeruginosa prefer trimer? Simulation studiesNiramitranon J., Sansom M.S., Pongprayoon P.2016Journal of Molecular Graphics and Modelling
    65,pp. 1-7
    9
    17Albuminuria detection using graphene oxide-mediated fluorescence quenching aptasensorChawjiraphan W., Apiwat C., Apiwat C., Segkhoonthod K., Treerattrakoon K., Treerattrakoon K., Pinpradup P., Sathirapongsasuti N., Pongprayoon P., Luksirikul P., Isarankura-Na-Ayudhya P., Japrung D.2020MethodsX
    7
    7
    18Exploring the binding modes of cordycepin to human adenosine deaminase 1 (ADA1) compared to adenosine and 2’-deoxyadenosineNiramitranon J., Pongprayoon P.2020Journal of Molecular Modeling
    26(2)
    6
    19Dynamic and structural insights into tick serpin from Ixodes ricinusPongprayoon P., Niramitranon J., Kaewhom P., Kaewmongkol S., Suwan E., Stich R.W., Jittapalapong S.2020Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    38(8),pp. 2296-2303
    6
    20Revealing the Effects of Pore Size and Geometry on the Mechanical Properties of Graphene Nanopore Using the Atomistic Finite Element MethodPongprayoon P., Chaimanatsakun A.2019Acta Mechanica Solida Sinica
    32(1),pp. 81-92
    6
    21Structural and Dynamic Alteration of Glycated Human Serum Albumin in Schiff Base and Amadori Adducts: A Molecular Simulation StudySittiwanichai S., Japrung D., Mori T., Pongprayoon P.2023Journal of Physical Chemistry B
    127(23),pp. 5230-5240
    6
    22Probing the binding affinities of imipenem and ertapenem for outer membrane carboxylate channel D1 (OccD1) from P. aeruginosa: simulation studiesSomboon K., Niramitranon J., Pongprayoon P.2017Journal of Molecular Modeling
    23(8)
    5
    23Revealing the structural dynamics of feline serum albuminPongprayoon P., Japrung D.2020Structural Chemistry
    5
    24Evaluation of the binding mechanism of human defensin 5 in a bacterial membrane: A simulation studyAwang T., Chairatana P., Vijayan R., Pongprayoon P.2021International Journal of Molecular Sciences
    22(22)
    5
    25Investigating the binding affinities of fructose and galactose to human serum albumin: simulation studiesAwang T., Niramitranon J., Japrung D., Saparpakorn P., Pongprayoon P.2021Molecular Simulation
    4
    26Structural dynamics of Rhipicephalus microplus serpin-3Pongprayoon P., Kaewhom P., Kaewmongkol S., Suwan E., Stich R.W., Wiriya B., Jittapalapong S.2021Molecular Simulation
    4
    27Modeling the Adsorption of the miR-29a Cancer Biomarker on a Graphene Quantum DotKuntip N., Japrung D., Pongprayoon P.2021ACS Omega
    4
    28How do the protonation states of E296 and D312 in OmpF and D299 and D315 in homologous OmpC affect protein structure and dynamics? Simulation studiesPongprayoon P.2014Computational Biology and Chemistry
    53(PB),pp. 226-234
    4
    29Multiscale simulation studies of geometrical effects on solution transport through nanoporesChaimanatsakun A., Japrung D., Pongprayoon P.2018Molecular Simulation
    44(1),pp. 12-20
    3
    30What Happens When a Complementary DNA Meets miR-29a Cancer Biomarker in Complex with a Graphene Quantum DotKuntip N., Japrung D., Pongprayoon P.2021ACS Applied Bio Materials
    3
    31The binding of apo and glucose-bound human serum albumins to a free graphene sheet in aqueous environment: Simulation studiesSittiwanichai S., Japrung D., Pongprayoon P.2022Journal of Molecular Graphics and Modelling
    110
    3
    32Effects of Boric Acid and Storage Temperature on the Analysis of Microalbumin Using Aptasensor-Based Fluorescent DetectionSompark C., Sompark C., Chawjiraphan W., Sukmak M., Sukmak M., Cha’on U., Cha’on U., Anutrakulchai S., Anutrakulchai S., Pongprayoon P., Putnin T., Pimalai D., Pinrod V., Japrung D.2022Biosensors
    12(11)
    3
    33Exploring the structural and dynamic differences between human carnosinase I (CN1) and II (CN2)Tancharoen C., Tovivek B., Niramitranon J., Kityakarn S., Luksirikul P., Gorinstein S., Pongprayoon P.2023Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
    2
    34The aggregation of multiple miR-29a cancer biomarkers induced by graphene quantum dots: Molecular dynamics simulationsNatmai S., Kuntip N., Japrung D., Pongprayoon P.2022Journal of Molecular Graphics and Modelling
    116
    2
    35Dynamic and structural properties of porcine serum albuminsNiramitranon J., Japrung D., Boonmee A., Koonawootrittriron S., Suwanasopee T., Jattawa D., Pongprayoon P.2023Molecular Simulation
    2
    36Observing How Glutathione and S-Hexyl Glutathione Bind to Glutathione S-Transferase from Rhipicephalus (Boophilus) microplusRangubpit W., Suwan E., Sangthong D., Wongpanit K., Stich R.W., Pongprayoon P., Jittapalapong S.2022International Journal of Molecular Sciences
    23(21)
    2
    37Binding of Apo and Glycated Human Serum Albumins to an Albumin-Selective Aptamer-Bound Graphene Quantum Dot ComplexSittiwanichai S., Niramitranon J., Japrung D., Pongprayoon P.2023ACS Omega
    8(24),pp. 21862-21870
    1
    38Elucidating structure and dynamics of glutathione S-transferase from Rhipicephalus (Boophilus) microplusRangubpit W., Suwan E., Sangthong D., Wongpanit K., Stich R.W., Pongprayoon P., Jittapalapong S.2022Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    1
    39How ractopamine binds to bovine serum albumin at the drug site 1Janoon K., Kuntip N., Niramitranon J., Pongprayoon P.2023Molecular Simulation
    0
    40Structural and dynamic properties of urinary human serum albumin fragments: a molecular dynamics studyArchapraditkul C., Janon K., Japrung D., Pongprayoon P.2023Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    0
    41The antioxidant activities and inhibitory effects on α-glucosidase and α-Amylase of ethanolic and aqueous extracts from various parts of Thai Caesalpinia sappan L.Boonmee A., Moonrungsee N., Kasemsuk T., Puckdee W., Komonpanich P., Kunsook C., Khamchatra N.M., Nakeim S., Khamchutra A., Suninthaboonrana R., Chairatana P., Toviwek B., Pongprayoon P., Suwancharoen S.2023ScienceAsia
    49,pp. 618-626
    0
    42Molecular dynamics simulations of human α-defensin 5 (HD5) crossing gram-negative bacterial membraneAwang T., Chairatana P., Pongprayoon P.2023PLoS ONE
    18(11 November)
    0
    43Binding Modes of Carnostatine, Homocarnosine, and Ophidine to Human Carnosinase 1Toviwek B., Suwanasopee T., Koonawootrittriron S., Jattawa D., Pongprayoon P.2023ACS Omega
    0
    44Comparative studies of structure and dynamics of caprine, leporine, ovine, and equine serum albuminsPongprayoon P., Kuntip N., Suwanasopee T., Jattawa D., Niramitranon J., Japrung D., Koonawootrittriron S.2023Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    0
    45What make malarial adenosine deaminase from PLASMODIUM VIVAX recognise adenosine and 5′-methylthioadenosine: simulation studiesChotpatiwetchkul W., Sittiwanichai S., Niramitranon J., Pongprayoon P.2021Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
    0
    46Molecular insights into the adsorption mechanism of E21R and T7E21R human defensin 5 on a bacterial membraneChumponanomakun P., Niramitranon J., Chairatana P., Pongprayoon P.2022Molecular Simulation
    0
    47Revealing mechanical strength of Nanopores using atomic finite element techniquesPongprayoon P., Chaimanatsakun A.2018Materials Science Forum
    934 MSF,pp. 24-29
    0