Person Image

    Education

    • วท.บ.(เคมี), มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, ไทย, 2547
    • วท.ม.(เคมีเชิงฟิสิกส์), มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, ไทย, 2549
    • วท.ม.(ชีวสาระสนเทศ), University of Leeds, อังกฤษ, 2549
    • Ph.D.(ชีวเคมี), University of Oxford, อังกฤษ, 2553

    Expertise Cloud

    5 '-methylthioadenosineADA1adenosineAdenosine deaminaseAlbuminuriaAmino acidsAntimicrobialAnti-microbial activityAntimicrobial functionsAntimicrobial mechanismsAptamerAptasensoraptasensorGlycated human albuminAtomic finite elementAtomistic finite elementbacteriaBADH2Binding energyBinding pocketsBio-chemical applicationsBloodBlood pressureBovine serum albuminBovine serum albuminsBSACanine serum albumincarbapenemCarbapenewcheminformaticsClinical practicescolloidal crystalcritical roleCrystal structureCSADefensinsDiabetiesdimer formationDNADNA aptamerertapenemFinite elementFinite element methodFinite element techniquesFlow of fluidsFluorescence quenchingGeometryGlycated human serum albuminGrapheneGraphene sheetGraphene sheetsHigh salt concentrationHost defenseHost-defense peptideHSAHuman defensin 5Human defensive 5human serum albuminHuman serum albuminsimipenemImpact forceIon fluxIxodes ricinusKeywords: NanoporesKidney diseaseLigand binding affinityLigandsmalariaMammalsMD simulationMD simulationsMechanical propertiesmolecular dynamicsMolecular dynamics simulationNano scaleNanoporeNanoporesNanosensorsPore shapePore sizePore surfaceSelf-assemblyserpinsTicksการแข่งขันการคำนวณด้วยระเบียบวิธีทางคอมพิวเตอร์ของระบบโปรตีนขนส่งที่พบในสิ่งมีชีวิตการจำลองการไหลของไอออนเกษตรนาโนพอร์ผลิตภัณฑ์พัฒนาคุณภาพพัฒนานักวิจัยขั้นสูงระดับโมเลกุลระเบียบวิธีโมเลคิวลาร์ไดนามิกสสร้างความพร้อมสัตว์เหล็กกล้าไร้สนิมอนุภาคนาโนคาร์บอนอาหารอินโดโลคาร์บาโซล

    Interest

    การคำนวณด้วยระเบียบวิธีทางคอมพิวเตอร์ของระบบโปรตีนขนส่งที่พบในสิ่งมีชีวิต

    Administrative Profile


      Resource

      • จำนวนหน่วยปฏิบัติการที่เข้าร่วม 0 หน่วย
      • จำนวนเครื่องมือวิจัย 0 ชิ้น
      • สถานที่ปฏิบัติงานวิจัย
        • ห้อง - ชั้น - อาคารภาควิชาเคมี

      งานวิจัยในรอบ 5 ปี

      Project

      งานวิจัยที่อยู่ระหว่างการดำเนินการ
      • ทุนใน 11 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 5 โครงการ, ผู้ร่วมวิจัย 6 โครงการ)
      • ทุนนอก 0 โครงการ
      งานวิจัยที่เสร็จสิ้นแล้ว
      • ทุนใน 14 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 8 โครงการ, ผู้ร่วมวิจัย 6 โครงการ)
      • ทุนนอก 1 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 1 โครงการ)

      แนวโน้มผลงานทั้งหมดเทียบกับแนวโน้มผลงานในรอบ 5 ปี

      Output

      • บทความ 33 เรื่อง (ตีพิมพ์ในวารสารวิชาการ 30 เรื่อง, นำเสนอในการประชุม/สัมมนา 3 เรื่อง)

      แนวโน้มการนำผลงานไปใช้ประโยชน์ในด้านต่างๆ

      Outcome

      • การนำผลงานไปใช้ประโยชน์ 1 เรื่อง (เชิงวิชาการ 1 เรื่อง, เชิงนโยบาย/บริหาร 0 เรื่อง, เชิงสาธารณะ 0 เรื่อง, เชิงพาณิชย์ 0 เรื่อง)

      รางวัลที่ได้รับ

      Award

      • รางวัลที่ได้รับ 1 เรื่อง (ประกาศเกียรติคุณ/รางวัลนักวิจัย 1 เรื่อง, รางวัลผลงานวิจัย/สิ่งประดิษฐ์ 0 เรื่อง, รางวัลผลงานนำเสนอในการประชุมวิชาการ 0 เรื่อง)


      Scopus h-index

      #Document titleAuthorsYearSourceCited by
      1The penetration of human defensin 5 (HD5) through bacterial outer membrane: simulation studiesAwang T., Pongprayoon P.2021Journal of Molecular Modeling
      27(10)
      1
      2Dynamics of human defensin 5 (HD5) self-assembly in solution: Molecular simulations/insightsChairatana P., Niramitranon J., Pongprayoon P.2019Computational Biology and Chemistry
      83
      6
      3Dynamic and structural insights into tick serpin from Ixodes ricinusPongprayoon P., Niramitranon J., Kaewhom P., Kaewmongkol S., Suwan E., Stich R.W., Jittapalapong S.2020Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
      38(8),pp. 2296-2303
      3
      4How do the protonation states of E296 and D312 in OmpF and D299 and D315 in homologous OmpC affect protein structure and dynamics? Simulation studiesPongprayoon P.2014Computational Biology and Chemistry
      53(PB),pp. 226-234
      3
      5Simulations of anion transport through OprP reveal the molecular basis for high affinity and selectivity for phosphatePongprayoon P., Beckstein O., Wee C.L., Sansom M.S.P.2009Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
      106(51),pp. 21614-21618
      53
      6Evaluation of the binding mechanism of human defensin 5 in a bacterial membrane: A simulation studyAwang T., Chairatana P., Vijayan R., Pongprayoon P.2021International Journal of Molecular Sciences
      22(22)
      1
      7Structural dynamics of Rhipicephalus microplus serpin-3Pongprayoon P., Kaewhom P., Kaewmongkol S., Suwan E., Stich R.W., Wiriya B., Jittapalapong S.2021Molecular Simulation
      0
      8Modeling the Adsorption of the miR-29a Cancer Biomarker on a Graphene Quantum DotKuntip N., Japrung D., Pongprayoon P.2021ACS Omega
      2
      9Biomimetic design of a brush-like nanopore: Simulation studiesPongprayoon P., Pongprayoon P., Beckstein O., Beckstein O., Sansom M.S.P.2012Journal of Physical Chemistry B
      116(1),pp. 462-468
      19
      10Exploring how structural and dynamic properties of bovine and canine serum albumins differ from human serum albuminKetrat S., Japrung D., Pongprayoon P.2020Journal of Molecular Graphics and Modelling
      98
      16
      11Structural insights into betaine aldehyde dehydrogenase (BADH2) from Oryza sativa explored by modeling and simulationsBaicharoen A., Vijayan R., Pongprayoon P.2018Scientific Reports
      8(1)
      12
      12Understanding the effects of two bound glucose in Sudlow site I on structure and function of human serum albumin: theoretical studiesAwang T., Wiriyatanakorn N., Saparpakorn P., Japrung D., Pongprayoon P.2017Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
      35(4),pp. 781-790
      15
      13The binding of apo and glucose-bound human serum albumins to a free graphene sheet in aqueous environment: Simulation studiesSittiwanichai S., Japrung D., Pongprayoon P.2022Journal of Molecular Graphics and Modelling
      110
      0
      14Exploring the binding modes of cordycepin to human adenosine deaminase 1 (ADA1) compared to adenosine and 2’-deoxyadenosineNiramitranon J., Pongprayoon P.2020Journal of Molecular Modeling
      26(2)
      4
      15Sensitive detection of albuminuria by graphene oxide-mediated fluorescence quenching aptasensorChawjiraphan W., Apiwat C., Apiwat C., Segkhoonthod K., Treerattrakoon K., Pinpradup P., Sathirapongsasuti N., Pongprayoon P., Luksirikul P., Isarankura-Na-Ayudhya P., Japrung D.2020Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy
      231
      7
      16Investigating the binding affinities of fructose and galactose to human serum albumin: simulation studiesAwang T., Niramitranon J., Japrung D., Saparpakorn P., Pongprayoon P.2021Molecular Simulation
      0
      17Graphene based aptasensor for glycated albumin in diabetes mellitus diagnosis and monitoringApiwat C., Luksirikul P., Kankla P., Pongprayoon P., Treerattrakoon K., Paiboonsukwong K., Fucharoen S., Dharakul T., Dharakul T., Japrung D.2016Biosensors and Bioelectronics
      82,pp. 140-145
      50
      18Exploring the interactions of a DNA aptamer with human serum albumins: simulation studiesPanman W., Japrung D., Pongprayoon P.2017Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
      35(11),pp. 2328-2336
      8
      19Why do the outer membrane proteins OmpF from E. coli and OprP from P. aeruginosa prefer trimer? Simulation studiesNiramitranon J., Sansom M.S., Pongprayoon P.2016Journal of Molecular Graphics and Modelling
      65,pp. 1-7
      9
      20Revealing the structural dynamics of feline serum albuminPongprayoon P., Japrung D.2020Structural Chemistry
      0
      21Multiscale simulation studies of geometrical effects on solution transport through nanoporesChaimanatsakun A., Japrung D., Pongprayoon P.2018Molecular Simulation
      44(1),pp. 12-20
      1
      22What make malarial adenosine deaminase from PLASMODIUM VIVAX recognise adenosine and 5′-methylthioadenosine: simulation studiesChotpatiwetchkul W., Sittiwanichai S., Niramitranon J., Pongprayoon P.2021Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
      0
      23The adsorption of human defensin 5 on bacterial membranes: simulation studiesAwang T., Pongprayoon P.2018Journal of Molecular Modeling
      24(10)
      6
      24Albuminuria detection using graphene oxide-mediated fluorescence quenching aptasensorChawjiraphan W., Apiwat C., Apiwat C., Segkhoonthod K., Treerattrakoon K., Treerattrakoon K., Pinpradup P., Sathirapongsasuti N., Pongprayoon P., Luksirikul P., Isarankura-Na-Ayudhya P., Japrung D.2020MethodsX
      7
      3
      25Revealing mechanical strength of Nanopores using atomic finite element techniquesPongprayoon P., Chaimanatsakun A.2018Materials Science Forum
      934 MSF,pp. 24-29
      0
      26The critical role of dimer formation in monosaccharides binding to human serum albuminPongprayoon P., Mori T., Mori T.2018Physical Chemistry Chemical Physics
      20(5),pp. 3249-3257
      9
      27The adsorption of glycated human serum albumin-selective aptamer onto a graphene sheet: simulation studiesAwang T., Thangsan P., Luksirikul P., Japrung D., Pongprayoon P.2019Molecular Simulation
      45(10),pp. 841-848
      9
      28Revealing the Effects of Pore Size and Geometry on the Mechanical Properties of Graphene Nanopore Using the Atomistic Finite Element MethodPongprayoon P., Chaimanatsakun A.2019Acta Mechanica Solida Sinica
      32(1),pp. 81-92
      2
      29What Happens When a Complementary DNA Meets miR-29a Cancer Biomarker in Complex with a Graphene Quantum DotKuntip N., Japrung D., Pongprayoon P.2021ACS Applied Bio Materials
      0
      30How human serum albumin-selective DNA aptamer binds to bovine and canine serum albuminsKuntip N., Japrung D., Pongprayoon P.2021Biopolymers
      3
      31Probing the binding affinities of imipenem and ertapenem for outer membrane carboxylate channel D1 (OccD1) from P. aeruginosa: simulation studiesSomboon K., Niramitranon J., Pongprayoon P.2017Journal of Molecular Modeling
      23(8)
      4
      32Probing the binding site characteristics of HSA: A combined molecular dynamics and cheminformatics investigationPongprayoon P., Gleeson M.2014Journal of Molecular Graphics and Modelling
      54,pp. 164-173
      13