Search Result of "over-representative motif"

About 5 results
Img

ที่มา:วิทยาสารเกษตรศาสตร์ สาขา วิทยาศาสตร์

หัวเรื่อง:ไม่มีชื่อไทย (ชื่ออังกฤษ : In silico Promoter Analysis of Photoperiod-Responsive Genes Identified by DNA Microarray in Rice (Oryza sativa L.))

ผู้เขียน:Imgดร.จรีรัตน์ มงคลศิริวัฒนา, ผู้ช่วยศาสตราจารย์, Imgนายประดิษฐ์ พงศ์ทองคำ, ศาสตราจารย์, Imgสุรินทร์ ปิยะโชคณากุล

สื่อสิ่งพิมพ์:pdf

Abstract

The bioinformatics tools, in silico analysis, were used to analyze the promoter regions of photoperiod-responsive genes in rice obtained from microarray analysis. The results revealed that the common feature of a photoperiod-responsive promoter is the combination of various light-responsive elements, hormone-responsive elements and stress-responsive elements. This indicated that the photoperiod response is controlled by light in coordination with hormones and stresses. The coordinated motifs, integrating hormones and stresses to photoperiod responses were identified. The GARE motif and G-box are the coordinated motifs integrating gibberellins with photoperiod while MBS and G-box are the coordinated motifs integrating ethylene or abscisic acid and stresses with photoperiod. Moreover, the specific organization of cis-regulatory elements was used to identify phytochrome A (phyA)-regulated genes. The data showed that phyA is involved in the expression of flowering-time genes either by the activation of floral inducers or the suppression of floral repressors. In addition, two novel cis-regulatory elements which are specific to day-length were identified. The novel A-rich element is specific to long daylight and is involved in the regulation of phyA and circadian rhythm to inhibit flowering whereas the novel GC element is specific to short daylight and involved in the regulation of gibberellin signaling to promote flowering. In conclusion, photoperiodic flowering in rice is controlled, partially, by phyA in coordination with A-rich and GC elements.

Article Info
Agriculture and Natural Resources -- formerly Kasetsart Journal (Natural Science), Volume 043, Issue 1, Jan 09 - Mar 09, Page 164 - 177 |  PDF |  Page 

Img
Img

Researcher

นาย ประดิษฐ์ พงศ์ทองคำ, ศาสตราจารย์

ที่ทำงาน:ภาควิชาพันธุศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ บางเขน

สาขาที่สนใจ:เพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อพืช (Plant Tissue Culture), ปรับปรุงพันธุ์พืช (Plant Breeding)

Resume

Img

Researcher

ดร. จรีรัตน์ มงคลศิริวัฒนา, ผู้ช่วยศาสตราจารย์

ที่ทำงาน:ภาควิชาวิทยาศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ กำแพงแสน

สาขาที่สนใจ:พันธุวิศวกรรม epigenetics and small RNA , การโคลนยีนและการถ่ายยีนในพืช , การควบคุมและการแสดงออกของยีน , ชีวสารสนเทศ

Resume

Img

Researcher

ดร. สุรินทร์ ปิยะโชคณากุล, รองศาสตราจารย์

ที่ทำงาน:ภาควิชาพันธุศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ บางเขน

สาขาที่สนใจ:Molecular Genetics , Plant Gene Transformation, Plant Genome Analysis by Molecular Markers

Resume