Person Image

Administration

  • ผู้ช่วยอธิการบดีวิจัยและสร้างสรรค์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

Education

  • Ph.D.(Bioscience), Chalmers University of Technology, SWEDEN, 2552
  • วท.ม.( ชีวสารสนเทศ), มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี, ไทย
  • วท.บ.( เทคโนโลยีชีวภาพ), มหาวิทยาลัยมหิดล , ไทย

Expertise Cloud

3-methylcrotonyl-CoA carboxylaseAcheta domesticusAnimal nutritionAspergillus oryzaeBioinformaticsCarbon sourcescomparative genomicsCordycepinCordyceps militarisDuckEntomopathogenic fungiGenome-scale metabolic modelGenome-scale metabolic networkhomology modelingIn vitro digestibilityLipidMetabolic Modelmolecular dynamics simulationMolecular Dynamics SimulationsMucor circinelloidesOleaginous speciesSalmonella EnteritidisSecondary metabolitessenescencesenior high school studentserum proteomicsSex determinationSipC proteinstrain identificationstructure-based functional annotationsugar transporterSystems BiologySystems Biology in MicroorganismSystems metabolic engineeringTAB2Text mining (TM)Thai adultsthiostreptonTOK-001Transcription factorTranscriptomeTranscriptome analysistranscriptomicsunclassified drugvirulence factorWhole metagenome shotgun (WMGS) sequencingYeastกรดแกมมาแอมิโนบิวทีริกกรดคอร์ไดซิปิกกลไกการเจริญเติบโตกล้ายางพาราการควบคุมเมแทบอลิกการจำลองแบบทางพลวัตเชิงโมเลกุลการใช้ประโยชน์ของสัตว์การบดการปรับปรุงการแปรรูปผลิตภัณฑ์การเพาะเลี้ยงไส้เดือนการย่อยได้การย่อยได้ในหลอดทดลองการย่อยในหลอดทดลองการศึกษาเปรียบเทียบเชิงจีโนมการแสดงออกของยีนการแสดงออกของยีนทั้งหมดการหมักเซลล์ความเข้มข้นสูงขนมขบเคี้ยวความต้องการทางโภชนาการความหลากหลายความหลากหลายทางชีวภาพคอร์ไดซิปินคอรไดซิปินคุ้งบางกะเจ้าคุณสมบัติมาตรฐานเครือข่ายเมแทบอลิซึมเครือข่ายเมแทบอลิซึมระดับจีโนมโครงการนำร่องจิ้งหรีดทองแดงลายชีวสารสนเทศถั่งเช่าสีทองทรัพยากรดินทรัพยากรน้ำทรัพยากรอากาศทรานสคริปโตมิกส์ไทเอโซลบาซิลลัส ซับทิลิสแบบจำลองเมแทบอลิซึมระดับจีโนมประสิทธิภาพการเจริญเติบโตโปรติโอมิกส์โปรตีนขนส่งโปรตีนฟอกซ์เอ็มวันโปรไบโอติกผงถั่งเช่าสีทองผงนาโนพรีไบโอติกพันธุวิศวกรรมศาสตร์พื้นที่สีเขียวคุ้งบางกะเจ้าไฟทอปธอรา พาล์มิโวราโภชนศาสตร์โภชนศาสตร์สัตว์หิ่งห้อย

Interest

Bioinformatics, Systems Biology, Bioinformatics, Systems Biology in Microorganism

Administrative Profile

  • ก.ย. 2564 - ปัจจุบัน ผู้ช่วยอธิการบดีวิจัยและสร้างสรรค์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

Resource

  • จำนวนหน่วยปฏิบัติการที่เข้าร่วม 0 หน่วย
  • จำนวนเครื่องมือวิจัย 0 ชิ้น

งานวิจัยในรอบ 5 ปี

Project

งานวิจัยที่อยู่ระหว่างการดำเนินการ
  • ทุนใน 8 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 3 โครงการ, ที่ปรึกษาโครงการ 1 โครงการ, ผู้ร่วมวิจัย 4 โครงการ)
  • ทุนนอก 0 โครงการ
งานวิจัยที่เสร็จสิ้นแล้ว
  • ทุนใน 9 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 4 โครงการ, ที่ปรึกษาโครงการ 1 โครงการ, ผู้ร่วมวิจัย 4 โครงการ)
  • ทุนนอก 10 โครงการ (หัวหน้าโครงการ 6 โครงการ, ผู้ร่วมวิจัย 4 โครงการ)

แนวโน้มผลงานทั้งหมดเทียบกับแนวโน้มผลงานในรอบ 5 ปี

Output

  • บทความ 46 เรื่อง (ตีพิมพ์ในวารสารวิชาการ 36 เรื่อง, นำเสนอในการประชุม/สัมมนา 10 เรื่อง)
  • ทรัพย์สินทางปัญญา 2 เรื่อง (อนุสิทธิบัตร 2 เรื่อง)

แนวโน้มการนำผลงานไปใช้ประโยชน์ในด้านต่างๆ

Outcome

  • การนำผลงานไปใช้ประโยชน์ 8 เรื่อง (เชิงวิชาการ 8 เรื่อง, เชิงนโยบาย/บริหาร 0 เรื่อง, เชิงสาธารณะ 0 เรื่อง, เชิงพาณิชย์ 0 เรื่อง)

รางวัลที่ได้รับ

Award

  • รางวัลที่ได้รับ 0 เรื่อง (ประกาศเกียรติคุณ/รางวัลนักวิจัย 0 เรื่อง, รางวัลผลงานวิจัย/สิ่งประดิษฐ์ 0 เรื่อง, รางวัลผลงานนำเสนอในการประชุมวิชาการ 0 เรื่อง)

นักวิจัยที่มีผลงานงานร่วมกันมากที่สุด 10 คนแรก


Scopus h-index

#Document titleAuthorsYearSourceCited by
1The RAVEN Toolbox and Its Use for Generating a Genome-scale Metabolic Model for Penicillium chrysogenumAgren R., Liu L., Shoaie S., Vongsangnak W., Nookaew I., Nielsen J.2013PLoS Computational Biology
9(3)
245
2De novo sequencing, assembly and analysis of the genome of the laboratory strain Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D, a model for modern industrial biotechnologyNijkamp J.F., Nijkamp J.F., van den Broek M., van den Broek M., Datema E., Datema E., Datema E., de Kok S., de Kok S., de Kok S., Bosman L., Bosman L., Luttik M.A., Luttik M.A., Daran-Lapujade P., Daran-Lapujade P., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Nielsen J., Heijne W.H.M., Klaassen P., Paddon C.J., Platt D., Kötter P., van Ham R.C., van Ham R.C., van Ham R.C., Reinders M.J.T., Reinders M.J.T., Reinders M.J.T., Pronk J.T., Pronk J.T., de Ridder D., de Ridder D., de Ridder D., de Ridder D., Daran J.M., Daran J.M., Daran J.M.2012Microbial Cell Factories
11
177
3Biomedical text mining and its applications in cancer researchZhu F., Patumcharoenpol P., Zhang C., Yang Y., Chan J., Meechai A., Vongsangnak W., Shen B., Shen B.2013Journal of Biomedical Informatics
46(2),pp. 200-211
137
4Unravelling evolutionary strategies of yeast for improving galactose utilization through integrated systems level analysisHong K., Hong K., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Vemuri G., Nielsen J., Nielsen J.2011Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
108(29),pp. 12179-12184
113
5Performance comparison and evaluation of software tools for microRNA deep-sequencing data analysisLi Y., Zhang Z., Liu F., Vongsangnak W., Jing Q., Jing Q., Shen B.2012Nucleic Acids Research
40(10),pp. 4298-4305
109
6A trispecies Aspergillus microarray: Comparative transcriptomics of three Aspergillus speciesAndersen M., Vongsangnak W., Panagiotou G., Salazar M., Lehmann L., Nielsen J.2008Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
105(11),pp. 4387-4392
98
7Towards efficient extraction of notoginseng saponins from cultured cells of Panax notoginsengVongsangnak W., Vongsangnak W., Gua J., Chauvatcharin S., Zhong J.J.2004Biochemical Engineering Journal
18(2),pp. 115-120
96
8BioMet Toolbox: Genome-wide analysis of metabolismCvijovic M., Olivares-Hernandez R., Agren R., Dahr N., Vongsangnak W., Nookaew I., Patil K., Nielsen J.2010Nucleic Acids Research
38(SUPPL. 2)
84
9Improved annotation through genome-scale metabolic modeling of Aspergillus oryzaeVongsangnak W., Vongsangnak W., Olsen P., Hansen K., Krogsgaard S., Nielsen J., Nielsen J.2008BMC Genomics
9
66
10Whole genome sequencing of Saccharomyces cerevisiae: From genotype to phenotype for improved metabolic engineering applicationsOtero J., Otero J., Otero J., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Asadollahi M., Asadollahi M., Asadollahi M., Olivares-Hernandes R., Olivares-Hernandes R., Maury J., Maury J., Farinelli L., Barlocher L., Østerås M., Schalk M., Clark A., Nielsen J., Nielsen J.2010BMC Genomics
11(1)
55
11Evaluation and comparison of multiple aligners for next-generation sequencing data analysisShang J., Shang J., Zhu F., Vongsangnak W., Tang Y., Zhang W., Shen B.2014BioMed Research International
2014
40
12Heterologous production of polyunsaturated fatty acids in Saccharomyces cerevisiae causes a global transcriptional response resulting in reduced proteasomal activity and increased oxidative stressRuenwai R., Neiss A., Laoteng K., Vongsangnak W., Dalfard A.B., Dalfard A.B., Cheevadhanarak S., Petranovic D., Nielsen J.2011Biotechnology Journal
6(3),pp. 343-356
33
13Uncovering transcriptional regulation of glycerol metabolism in Aspergilli through genome-wide gene expression data analysisSalazar M., Vongsangnak W., Panagiotou G., Andersen M., Nielsen J.2009Molecular Genetics and Genomics
282(6),pp. 571-586
31
14Genome-wide analysis of maltose utilization and regulation in aspergilliVongsangnak W., Salazar M., Hansen K., Nielsen J.2009Microbiology
155(12),pp. 3893-3902
30
15Genome-scale analysis of the metabolic networks of oleaginous Zygomycete fungiVongsangnak W., Ruenwai R., Tang X., Hu X., Zhang H., Shen B., Song Y., Laoteng K.2013Gene
521(1),pp. 180-190
26
16Revealing the beneficial effect of protease supplementation to high gravity beer fermentations using "-omics" techniquesPiddocke M., Fazio A., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Wong M., Heldt-Hansen H., Workman C., Nielsen J., Olsson L., Olsson L.2011Microbial Cell Factories
10
25
17Integrative analysis reveals disease-associated genes and biomarkers for prostate cancer progressionLi Y., Vongsangnak W., Chen L., Shen B.2014BMC Medical Genomics
7(SUPPL.1)
20
18Genome-scale metabolic modeling of Mucor circinelloides and comparative analysis with other oleaginous speciesVongsangnak W., Vongsangnak W., Klanchui A., Tawornsamretkit I., Tatiyaborwornchai W., Laoteng K., Meechai A.2016Gene
583(2),pp. 121-129
19
19Annotation and analysis of malic enzyme genes encoding for multiple isoforms in the fungus Mucor circinelloides CBS 277.49Vongsangnak W., Zhang Y., Chen W., Ratledge C., Ratledge C., Song Y.2012Biotechnology Letters
34(5),pp. 941-947
18
20Molecular mechanism of Forkhead box M1 inhibition by thiostrepton in breast cancer cellsKongsema M., Kongsema M., Wongkhieo S., Khongkow M., Lam E., Boonnoy P., Boonnoy P., Vongsangnak W., Wong-Ekkabut J., Wong-Ekkabut J.2019Oncology Reports
42(3),pp. 953-962
17
21Post genome-wide association studies functional characterization of prostate cancer risk lociJiang J., Cui W., Vongsangnak W., Hu G., Shen B.2013BMC Genomics
14(SUPP 8)
16
22Genome-scale metabolic representation of Amycolatopsis balhimycinaVongsangnak W., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Figueiredo L., Figueiredo L., Figueiredo L., Förster J., Weber T., Thykaer J., Stegmann E., Wohlleben W., Nielsen J., Nielsen J.2012Biotechnology and Bioengineering
109(7),pp. 1798-1807
15
23Time course gene expression profiling of yeast spore germination reveals a network of transcription factors orchestrating the global responseGeijer C., Pirkov I., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Ericsson A., Nielsen J., Krantz M., Krantz M., Hohmann S.2012BMC Genomics
13(1)
14
24Protective effect of lactobacillus reuteri KUB-AC5 against salmonella enteritidis challenge in chickensNakphaichit M., Sobanbua S., Siemuang S., Vongsangnak W., Nakayama J., Nitisinprasert S.2019Beneficial Microbes
10(1),pp. 43-54
14
25Genome-scale metabolic network of Cordyceps militaris useful for comparative analysis of entomopathogenic fungiVongsangnak W., Raethong N., Mujchariyakul W., Nguyen N., Leong H., Laoteng K.2017Gene
626,pp. 132-139
14
26Increased Lipid Accumulation in Mucor circinelloides by Overexpression of Mitochondrial Citrate Transporter GenesYang J., Li S., Kabir Khan M., Garre V., Vongsangnak W., Song Y.2019Industrial and Engineering Chemistry Research
58(6),pp. 2125-2134
13
27Informatics for metabolomicsKusonmano K., Vongsangnak W., Chumnanpuen P.2016Advances in Experimental Medicine and Biology
939,pp. 91-115
12
28Comparisons of Prostate Cancer Inhibitors Abiraterone and TOK-001 Binding with CYP17A1 through Molecular DynamicsXiao F., Yang M., Xu Y., Vongsangnak W.2015Computational and Structural Biotechnology Journal
13,pp. 520-527
12
29Uncovering global metabolic response to cordycepin production in Cordyceps militaris through transcriptome and genome-scale network-driven analysisRaethong N., Laoteng K., Vongsangnak W.2018Scientific Reports
8(1)
11
30Integrated analysis of the global transcriptional response to α-amylase over-production by Aspergillus oryzaeVongsangnak W., Hansen K., Nielsen J.2011Biotechnology and Bioengineering
108(5),pp. 1130-1139
11
31Transcriptome analysis reveals candidate genes involved in luciferin metabolism in Luciola aquatilis (Coleoptera: Lampyridae)Vongsangnak W., Chumnanpuen P., Sriboonlert A.2016PeerJ
2016(10)
10
32Dissecting metabolic behavior of lipid over-producing strain of Mucor circinelloides through genome-scale metabolic network and multi-level data integrationVongsangnak W., Kingkaw A., Yang J., Song Y., Laoteng K.2018Gene
670,pp. 87-97
8
33An integrated text mining framework for metabolic interaction network reconstructionPatumcharoenpol P., Patumcharoenpol P., Doungpan N., Meechai A., Shen B., Chan J.H., Vongsangnak W., Vongsangnak W.2016PeerJ
2016(3)
7
34Systems biology and metabolic engineering of Arthrospira cell factoriesKlanchui A., Vorapreeda T., Vongsangnak W., Khannapho C., Cheevadhanarak S., Meechai A.2012Computational and Structural Biotechnology Journal
3(4),pp. e201210015
7
35Protein–protein interface and disease: Perspective from biomolecular networksHu G., Xiao F., Li Y., Li Y., Vongsangnak W.2017Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology
160,pp. 57-74
7
36Optimizing cultivation of Cordyceps militaris for fast growth and cordycepin overproduction using rational design of synthetic mediaRaethong N., Wang H., Wang H., Nielsen J., Nielsen J., Vongsangnak W., Vongsangnak W.2020Computational and Structural Biotechnology Journal
18,pp. 1-8
4
37Probing Carbon Utilization of Cordyceps militaris by Sugar Transportome and Protein Structural AnalysisSirithep K., Sirithep K., Xiao F., Raethong N., Zhang Y., Laoteng K., Hu G., Vongsangnak W., Vongsangnak W.2020Cells
9(2)
4
38Comparative metabolic capabilities for Micrococcus luteus NCTC 2665, the "Fleming" strain, and actinobacteriaRokem J., Vongsangnak W., Vongsangnak W., Nielsen J.2011Biotechnology and Bioengineering
108(11),pp. 2770-2775
4
39Impacts of killing process on the nutrient content, product stability and in vitro digestibility of black soldier fly (Hermetia illucens) larvae mealsZhen Y., Chundang P., Zhang Y., Wang M., Vongsangnak W., Pruksakorn C., Kovitvadhi A.2020Applied Sciences (Switzerland)
10(17)
4
40Alternative metabolic routes in channeling xylose to cordycepin production of Cordyceps militaris identified by comparative transcriptome analysisWongsa B., Raethong N., Chumnanpuen P., Wong-ekkabut J., Laoteng K., Vongsangnak W.2020Genomics
112(1),pp. 629-636
4
41Analysis of genome-wide coexpression and coevolution of Aspergillus oryzae and Aspergillus nigerVongsangnak W., Nookaew I., Salazar M., Nielsen J.2010OMICS A Journal of Integrative Biology
14(2),pp. 165-175
4
42Reconstruction of insect hormone pathways in an aquatic firefly, Sclerotia aquatilis (Coleoptera: Lampyridae), using RNA-seqChanchay P., Vongsangnak W., Thancharoen A., Sriboonlert A.2019PeerJ
2019(8)
3
43Identification of potential candidate genes involved in the sex determination cascade in an aquatic firefly, Sclerotia aquatilis (Coleoptera, Lampyridae)Nguantad S., Chumnanpuen P., Thancharoen A., Vongsangnak W., Sriboonlert A.2020Genomics
112(3),pp. 2590-2602
3
44Comparative genome analysis reveals metabolic traits associated with probiotics properties in Lactobacillus reuteri KUB-AC5Jatuponwiphat T., Namrak T., Supataragul A., Nitisinprasert S., Nakphaichit M., Vongsangnak W.2019Gene Reports
17
3
45Cyanobacterial biofuels: Strategies and developments on network and modelingKlanchui A., Raethong N., Prommeenate P., Vongsangnak W., Meechai A.2017Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology
160,pp. 75-102
3
46Screening and identification of SipC-interacting proteins in Salmonella enteritidis using Gal4 yeast two-hybrid system in duckZhang Y., Gu T., Chen Y., Zhu G., Vongsangnak W., Xu Q., Chen G.2019PeerJ
2019(9)
2
47Metabolic traits specific for lipid-overproducing strain of Mucor circinelloides WJ11 identified by genome-scale modeling approachNa Ayudhya N.I., Laoteng K., Song Y., Meechai A., Vongsangnak W.2019PeerJ
7
2
48MetGEMs Toolbox: Metagenome-scale models as integrative toolbox for uncovering metabolic functions and routes of human gut microbiomePatumcharoenpol P., Nakphaichit M., Panagiotou G., Panagiotou G., Panagiotou G., Senavonge A., Suratannon N., Vongsangnak W.2021PLoS Computational Biology
17(1 December)
2
49Iron-associated protein interaction networks reveal the key functional modules related to survival and virulence of Pasteurella multocidaJatuponwiphat T., Chumnanpuen P., Othman S., E-kobon T., Vongsangnak W.2019Microbial Pathogenesis
127,pp. 257-266
2
50Analysis of the infant gut microbiome reveals metabolic functional roles associated with healthy infants and infants with atopic dermatitis using metaproteomicsKingkaw A., Nakphaichit M., Suratannon N., Nitisinprasert S., Wongoutong C., Chatchatee P., Krobthong S., Charoenlappanit S., Roytrakul S., Vongsangnak W.2020PeerJ
8
2
51Sequence- and Structure-Based Functional Annotation and Assessment of Metabolic Transporters in Aspergillus oryzae: A Representative Case StudyRaethong N., Wong-Ekkabut J., Laoteng K., Vongsangnak W.2016BioMed Research International
2016
2
52Translational biomedical informatics and computational systems medicineZhao Z., Zhao Z., Shen B., Lu X., Vongsangnak W.2013BioMed Research International
2013
2
53Bibliome mining platform and application for building metabolic interaction networkPatumcharoenpol P., Patumcharoenpol P., Chan J., Meechai A., Shen B., Vongsangnak W.2012Procedia Computer Science
11,pp. 55-62
2
54In silicoandin vitrodesign of cordycepin encapsulation in liposomes for colon cancer treatmentKhuntawee W., Khuntawee W., Amornloetwattana R., Amornloetwattana R., Vongsangnak W., Namdee K., Yata T., Karttunen M., Wong-Ekkabut J., Wong-Ekkabut J.2021RSC Advances
11(15),pp. 8475-8484
1
55Analysis of human gut microbiome: Taxonomy and metabolic functions in thai adultsRaethong N., Nakphaichit M., Suratannon N., Sathitkowitchai W., Sathitkowitchai W., Weerapakorn W., Keawsompong S., Vongsangnak W.2021Genes
12(3),pp. 1-13
1
56In silico analysis of mucor circinelloides genome-scale model for enhancing lipid productionKlanchui A., Vongsangnak W., Laoteng K., Meechai A.2016ACM International Conference Proceeding Series
,pp. 14-18
1
57Systems biology methods and developments of filamentous fungi in relation to the production of food ingredientsVongsangnak W., Nielsen J.2013Microbial Production of Food Ingredients, Enzymes and Nutraceuticals
,pp. 19-41
1
58In silico analysis of plant and animal transposable elementsHuang M.L., Wattanachaisaereekul S., Han Y.J., Vongsangnak W.2014International Journal of Bioinformatics Research and Applications
10(3),pp. 297-306
0
59Preface to selected papers from the 6th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2015)Kittichotirat W., Engchuan W., Vongsangnak W., Meechai A.2016Journal of Bioinformatics and Computational Biology
14(1)
0
60Comparative gene clusters analysis of Cordyceps militaris and related entomopathogenic fungiVongsangnak W., Mujchariyakul W., Wizaza C., Patumcharoenpol P., Kittichotirat W.2018ACM International Conference Proceeding Series
0
61Preliminary study: Proteomic profiling uncovers potential proteins for biomonitoring equine melanocytic neoplasmTesena P., Tesena P., Kingkaw A., Vongsangnak W., Pitikarn S., Phaonakrop N., Roytrakul S., Kovitvadhi A.2021Animals
11(7)
0
62Identification of Differentially Expressed Non-coding RNA Networks With Potential Immunoregulatory Roles During Salmonella Enteritidis Infection in DucksZhang Y., Dong X., Hou L., Cao Z., Zhu G., Vongsangnak W., Xu Q., Chen G.2021Frontiers in Veterinary Science
8
0
63Dual Transcriptomic Analyses Unveil Host–Pathogen Interactions Between Salmonella enterica Serovar Enteritidis and Laying Ducks (Anas platyrhynchos)Zhang Y., Song L., Hou L., Cao Z., Vongsangnak W., Zhu G., Xu Q., Chen G.2021Frontiers in Microbiology
12
0
64Its2 sequencing and targeted meta-proteomics of infant gut mycobiome reveal the functional role of rhodotorula sp. During atopic dermatitis manifestationMok K., Suratanon N., Roytrakul S., Charoenlappanit S., Patumcharoenpol P., Chatchatee P., Vongsangnak W., Nakphaichit M.2021Journal of Fungi
7(9)
0
65Integrative growth physiology and transcriptome profiling of probiotic limosilactobacillus reuteri kub-ac5Jatuponwiphat T., Namrak T., Nitisinprasert S., Nakphaichit M., Vongsangnak W.2021PeerJ
9
0
66Metabolic responses of carotenoid and cordycepin biosynthetic pathways in cordyceps militaris under light-programming exposure through genome-wide transcriptional analysisThananusak R., Laoteng K., Raethong N., Zhang Y., Vongsangnak W.2020Biology
9(9),pp. 1-14
0